5. 中国科学院蛋白质科学研究
中国科学院蛋白质科学研究历史悠久、实力雄厚，1965年上海生化所等首次人工全合成了蛋白质——结晶牛胰岛素，1972年生物物理所等解析了国内第一个生物大分子——胰岛素的高分辨率晶体结构。近年来，菠菜主要捕光复合体的晶体结构解析实现了我国膜蛋白结构解析零的突破，线粒体膜蛋白复合体Ⅱ的三维结构研究则填补了我国线粒体结构生物学和细胞生物学领域的空白，上述成果均为领域内公认的里程碑量级的原创性工作。
长期以来，我院已形成一支在国内外有影响力的蛋白质科学研究队伍，其中两院院士11人、千人计划8人、杰出青年15人、青年千人计划8人、百人计划40人，优秀研究员队伍100多人。以两院院士牵头、千人计划领军，杰出青年、青年千人计划、百人计划为骨干的极具创新活力的研究团队是我院蛋白质科学研究的坚实基础。
在重大设施建设方面，国家高瞻远瞩地批准了国家蛋白质科学研究设施建设项目，中科院的上海生科院、生物物理所是建设主力。2008年11月14日，国家发展和改革委员会批准国家重大科技基础设施项目——国家蛋白质科学研究设施的项目建议。在此项批复中明确了国家蛋白质科学研究设施的主要建设任务为：(一)由军事医学科学院作为项目法人单位，清华大学、北京大学、生物物理所为共建单位，在北京市建设以蛋白质组学研究能力为主的蛋白质科学研究设施。(二)由中国科学院上海生命科学研究院作为项目法人，在上海市建设以蛋白质结构解析能力为主的蛋白质科学研究设施。在此基础上中科院院已批准成立“中国科学院蛋白质科学中心”，中心下设“中国科学院蛋白质科学中心(北京)”和“中国科学院蛋白质科学中心(上海)”。北京中心依托生物物理所现有的蛋白质科学平台和国家蛋白质北京设施(生物物理所部分)，上海中心依托国家蛋白质上海设施及上海光源两个重大科学设施。两个中心有效联合，相互补充，南北呼应，在中科院统一领导下，通过一体化协同运行，构成了中科院蛋白质科学研究的整体布局。
生物物理研究所中长期规划中将“真核膜蛋白和蛋白质复合体结构与功能关系”、“建立认知基本单元的理论框架”、“生物成像瓶颈技术突破”等列为三个重大突破方向，将“疾病发生与干预的蛋白质结构基础”、“认知的分子神经基础及认知障碍”、“抗病毒新靶点与防治新策略”、“非编码RNA的系统发现与功能结构”、“新型抗肿瘤生物技术药物”等列为五个重点培育方向。生物物理所的蛋白质科学研究主要分为三个方向：结构生物学、生物膜与膜蛋白，蛋白质合成与调控，凝练出重点发展方向，围绕膜蛋白结构和功能，染色质结构、表观遗传调控与细胞命运决定，细胞内膜系统形成及其稳态维持的调控机制，疾病发生与防御的蛋白质结构和功能基础，蛋白质的生成、修饰与质量控制等五个方向开展研究。